學會組織理事會共二十一人，受全體會員之託，決定本會計劃及處理章程訂定之各項會務，同時設監事五人，審核本會預算及其他有關監察事宜。為健全學會功能，陸續成立出版、會員、財務、教育與名詞、獎章、國際關係、學術等委員會外，並於民國七十六年將教育委員會與名詞委員會分別獨立，七十七年成立化學與環境委員會，九十年成立化學與工業委員會加強產、學聯繫，九十二年新成立女性工作小組，增加與女性會員們的聯繫與互動。至今已成立十個委員會及一個工作小組，學會架構因此更趨完備。八十九年制定了「化學家守則」，勉勵所有會員，提昇個人及團體之道德信念與責任精神，讓國家社會更趨美好。

發行之『會誌』與『化學』兩刊物，為學會對外報導化學新知及動向之重要刊物，接受國內外訂單及要求交換雜誌者甚眾。『會誌』自民國七十七年起由季刊改為雙月刊，質與量同時提升，列名於世界學術期刊由 SCI，CA，Current Content 收錄，顯示『會誌』英文期刊之重要學術地位，自民國七十九年起每年均榮獲國科會傑出期刊獎，目前已發行五十卷。『化學』為中文季刊，至今已發行六十一卷，於七十五、八十二、八十五年間曾獲教育部優良期刊獎，該獎項於民國八十六年停止辦理，[化學]雖符合國科會期刊獎助申請標準，由於每單位限申請一件，因此相關出版經費均由學會自行籌措，會員皆免費贈閱，為學會重要聯繫媒介。

會員大會每年擇地舉行，除報告年度會務，並頒發各類獎章，舉辦各領域研討及座談會，九十年起獲張昭鼎紀念基金會、周大紓紀念基金會及王光燦生物有機化學教育基金會支持設置研究生論文獎，鼓勵青年學員創新研究，成為年會新增重點活動。為表彰會員們在化學各方面之傑出成果，特設置化學學術、服務及技術獎項，民國八十七年增設傑出青年化學獎，以表揚四十歲以內青年化學家在學術研究上之傑出表現。在拓展學界與國際間相互交流，自民國七十五年台北國際會議 (INTERNATIONAL CHEMICAL CONFERENCE，TAIPEI) 正式納入學會常設活動，每兩年舉辦，廣泛討論各領域重要議題，至今已成功舉辦七次國際性大會，九十年起開放 ICCT 名稱供各領域爭取承辦。北、竹、中、南各區分會每年均於各地舉辦區域性討論會及專題演講，對於推廣化學學術之研究與新知之介紹，貢獻卓著。

民國四十八年八月學會正式加入國際化學會 (IUPAC) 成為國家會員，每兩年均組團積極參與會員大會及學術會議，民國七十三年再加入亞洲化學聯盟 (FACS) 國家會員，前李鍾熙理事長於一九九九至二○○一年間同時接任亞洲化學聯盟主席，周大新教授接任兩屆(四年)亞洲化學聯盟 Newsletter 總編輯職務，由工研院化學工業研究所配合相關業務，積極推動亞洲化學界關係，深獲國際好評與友誼。近年來學會與國際組織間互動頻繁，包括邀請國際組織會長來訪，與美國化學會締結姊妹會，爭取主辦各項國際性研討會，如 1994 年 IUPAC 國際高分子研討會、1995 年 IUPAC 第十五屆國際雜環化學會及 1999 年第八屆亞洲化學會議，2001 年 IUPAC 有機金屬在有機合成之應用研討會，及加強與各國雙邊合作會議等，未來由學會會員們自發性的服務貢獻將陸續舉辦 2003 年自由基會議、2005 年奧林匹亞化學競賽、2006 年有機金屬會議以及2008 年之巨分子會議等，更展現化學界蓬勃的朝氣與榮景。